مهم‌ترین چالش‌های حمل‌ونقل ریلی در بخش‌های زیر قابل تقسیم و مطالعه است: زیرساختی، بهره‌وری، تأمین مالی، لجستیک، قانون‌گذاری و نظارت، مدیریتی و بروکراسی، عوامل خارجی و استقلال بخش خصوصی و شفافیت آماری.
شهر تهران در معرض حوادث و بلایای طبیعی و غیرطبیعی و مشکلات زیست محیطی فراوان قرار دارد که مسئله تاب‌آوری آن در برابر وقوع هرگونه حادثه و اتخاذ تصمیم به موقع و هماهنگ بسیار حیاتی بوده و مدیریت بحران بهمراه مدیریت شهری در نقطه آغاز هراتفاقی باید با ایجاد ثبات در تصمیمات ضروری یکپارچه و تمرکز یافته با پرهیز از وقت‌کشی به سامان‌دهی امور در ابعاد مختلف بپردازند.
